柠檬适宜的贮藏条件温度为10℃，相对湿度为85％～90％是柠檬的最佳贮藏条件。在此条件下柠檬可贮藏8～9个月而品质降低不明显。有的品种适宜在12～15℃下贮藏。5％～10％的氧气可显著地延长柠檬的贮藏寿命。二氧化碳抑制柠檬的退绿，长期在高二氧化碳中贮藏后加深成熟果实的色，降低柠檬酸的含量。